Il Civico Museo Archeologico ha origine in una delibera del Maggior Consiglio della Città del maggio 1561, quando fu istituita la Raccolta di anticaglie, comprendente una serie di epigrafi da esporre nella loggia sotto Palazzo della Ragione. Poiché la collezione andava ampliandosi, nel 1743 la Bina degli Anziani affidò a un gruppo di eruditi locali l’incarico di progettare una nuova sede, individuata in un edificio da costruire sopra il Fontanone, portato a completamento circa trent’anni dopo. Nel 1770 vi fu allestita la collezione, ma nel 1818 l’edificio divenne la sede dell’Ateneo di Scienze Lettere e Arti.
Verso la metà dell’Ottocento il conte Paolo Vimercati Sozzi aveva raccolto molti reperti archeologici scoperti in tutta la provincia, costituendo una ricca collezione, una parte della quale fu donata alla città nel 1866. Nell’ultimo ventennio del XIX secolo anche il prof. Gaetano Mantovani, Reale Ispettore degli scavi e monumenti di antichità per le province di Sermide, Bergamo e Treviglio, si occupò del recupero dei materiali archeologici scoperti fortuitamente nella provincia bergamasca e ne registrò i dati nella rivista Notizie Archeologiche Bergomensi, pubblicata fino all’anno 1900. Questa collezione fu esposta per un certo periodo nell’atrio della Biblioteca A. Mai.
All’inizio degli anni ’30 del Novecento le diverse collezioni confluirono per la prima volta in un’unica sede museale alla Rocca, ma gli eventi bellici imposero ben presto di trasferire i reperti archeologici in luogo sicuro.
Nel 1960 il Museo fu riallestito nel trecentesco Palazzo Visconteo della Cittadella, dove si trova tuttora. Quest’ultima collocazione segnò per l’Istituzione l’inizio di uno sviluppo rispettoso dei moderni criteri museografici, capace di incidere nel quadro culturale cittadino.
La vocazione didattica del Museo portò nel 1981 alla fondazione del Gruppo Guide del Museo, oggi Centro Didattico-culturale, che diede avvio all’attività con le scuole. Dal 1982 è attiva anche l’Associazione Amici del Museo Archeologico, che costituisce un valido supporto per il Museo stesso grazie alla sua attività di divulgazione della cultura archeologica.
Oggi il Museo offre servizi educativi alle scuole e ad adulti e famiglie, organizza mostre, cicli di conferenze, svolge attività di ricerca e di scavo e dal 1993 pubblica nuovamente la rivista scientifica Notizie Archeologiche Bergomensi.